En novembre 2001, le ministère de la Santé du Rwanda a décidé la mise en place d’un nouveau protocole national de traitement de première intention des cas de paludisme simple remplaçant la chloroquine par l’association amodiaquine–sulfadoxine-pyriméthamine. Objectifs Cette étude visait à évaluer la mise en pratique de ce nouveau protocole dans les formations sanitaires (FOSA) de la Capitale Kigali. Méthodes et population Une enquête connaissances, attitudes et pratiques (CAP) a été menée de juin à août 2003 auprès de 120 prestataires de soins dans 15 FOSA tirées au hasard parmi les FOSA réalisant le traitement du paludisme simple. Cent cinquante prescriptions antipaludiques ont été analysées à partir des informations recueillies dans les registres de consultation de ces 15 FOSA. La conformité du médicament, posologie et durée du traitement ont été évaluées vis-à-vis du protocole national. Résultats Au terme de l’analyse, 63,3 % des prescriptions étaient conformes au protocole. Les connaissances insuffisantes des prestataires de soins sur le protocole national, ainsi que le doute et la crainte sur l’efficacité et les effets indésirables des médicaments retenus dans ce protocole sont apparus comme étant les facteurs associés au non-respect de ce protocole. Conclusions Les auteurs recommandent une formation du personnel soignant des FOSA sur le protocole national. Les données suggèrent également la nécessité d’accompagner la modification du protocole national d’une évaluation, réalisée avec la participation des prestataires de soins, de l’efficacité et des effets indésirables éventuels de la nouvelle stratégie.